Het Naardermeer is een ondiepe plas: de enige in het beheergebied van AGV die van nature is ontstaan. Het is het oudste beschermde Nederlandse natuurreservaat. Het Naardermeer ligt op de overgang van de Utrechtse Heuvelrug (zand) naar het lager gelegen veenweidegebied (klei en veen). Het bestaat uit een plassengebied met riet, veenmosrietlanden, trilveen, hooiland en moerasbos. Kwel vanuit de Utrechtse Heuvelrug draagt bij aan het bijzondere karakter van de natuur. Molen De Onrust in het noordwesten van het gebied zorgt voor de bemaling van het Naardermeer. De bemaling is hierdoor windafhankelijk. Water wordt voornamelijk in het zomerhalfjaar ingelaten via een defosfateringsinstallatie.
Naardermeer (NL11_4_1) heeft watertype “grote ondiepe gebufferde plassen” (M14) en het wateroppervlak van het waterlichaam is 222 hectare.
Het waterlichaam bestaat uit de deelgebieden:
3100-EAG-1 (Naardermeer, Binnenzij/Spookgat), 3100-EAG-2 (Naardermeer, Groote Meer Noord), 3100-EAG-3 (Naardermeer, Groote Meer ZO), 3100-EAG-4 (Naardermeer, Veertigmorgen), 3100-EAG-5 (Naardermeer, Wijde- of Bovenste Blik), 3100-EAG-9 (Naardermeer, Kwelgebied noord)
Het waterlichaam ligt in de provincie(s) Noord-Holland en gemeente(n) Gooise Meren, Hilversum en Weesp. Het waterlichaam Naardermeer heeft de status Natura2000-gebied en KRW waterlichaam en is in eigendom van Natuurmonumenten.